关于“南京大屠杀”的证据与资料，为了中国审判战犯和远东国际法庭的审理，南京市议会自1945年8月即开始收集资料，历时两载。首先中国军事法庭于1947年2月初审判“南京大屠杀”首要战犯第六师团长谷寿夫。亲历其境之证人如美籍贝德士及史迈士教授等1250余人出庭或具结作证，连同物证资料提作审判依据。3月10日宣布判决∶
“计 被俘军民，在中华门花神庙、石观音、小心桥、扫帚巷、正觉寺、方家山、宝塔桥、下关草鞋峡等处，惨遭集体杀戮及焚尸灭迹者达19万人以上;在中华门下码头、东岳庙、堆草巷、斩龙桥等处，被零星残杀，尸骸经慈善团体掩埋者，达15万人以上，被害总数共30余万人。”
判决书所定之集体屠杀19万人及零星屠杀15万人，系根据身历其境之1250余人，及当时主持掩埋尸体之许传音、周一渔、刘德才、盛世徵等具结证明;具有红十字会掩埋尸体43071具，崇善堂收埋尸体112266具之统计表;灵谷寺无主孤魂3000余具之碑文;及谷寿夫在法庭上犹洋洋自得叙述其以丛葬方式集中掩埋之“万人坑”五处所起出之头颅数千具;并有众多的出版物和照片为物证。
其实，中国政府检察官陈光虞根据十四个团体的调查，于1946年5月向远东国际军事法庭提出的“南京大屠杀”确定的被屠杀者294911人，未确定的被屠杀者20万人。同年九月，陈氏根据继续收到的确实资料，又增列被屠杀者96260人，故确定被屠者应为391171人。东京审判对“南京大屠杀”颇为重视，听取来自中国亲历目睹的中外证人十余人(包括贝德士、梅奇、威尔逊医生、许传音、伍长德、粱延芳、秦德纯等)的口头证言并接受了百余件书面证词，最后作出慎重的保守的判决∶
“在日军占领后最初六个星期内，南京及其附近被屠杀的平民和俘虏，总数达20万以上。这种估计并不夸张，这由掩埋队及其他团体所埋尸体达15.5万人的事实就可以证明了。……这个数字还没有将被日军所烧弃了的尸体，投入到长江，或以其他方法处理的尸体在内。”
1981年以来，在日本军国主义复活声中，日本文部省猖獗地窜改历史教科书，否认对华侵略和“南京大屠杀”。南京各文化学术团体，尤其是南京大学及中国第二历史档案馆，组织“侵华日军南京大屠杀史料编辑委员会”，重新调查研究并编写“南京大屠杀”的史料与著述。据1984年的调查，南京全市尚有仍健在的受害者、目睹者1700余人，他们接受采访的证言都收藏在1985年建立的“侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆”内。这番重新调查和研究的结果对于1947年中国军事法庭对“南京大屠杀”的判决作了一些补充，但重新肯定“南京大屠杀”的数目为34万人，即集体屠杀19万人，零星屠杀15万人。
