1946年1月，国民党吉林省通化县党部主任委员孙耕尧与原日本关东军125师参谋长藤田实彦勾结，以暗藏在通化市区的3000多日本关东军为骨干，组成了一支1.3万余人的反共武装，商定于1946年2月3日4时发动武装暴动。
2月3日凌晨4时，武装暴乱发动。暴乱分子以原日本关东军士兵组成的突击队为骨干，手持战刀、枪支、斧头、棍棒，扑向我通化支队司令部、市公安局等10个重要目标。全市枪声、爆炸声、喊声响成一片。通化军民共同反击，仅两个小时就平定了这场反革命暴乱。
通化中国人对日本人深恶痛绝。暴乱发生后通化市民怀着强烈的复仇心理，将日军尸体的衣服都扒走了，连金牙齿也被砸下。更让中国军队不可饶恕的是关东军卫生部队的残忍。原本在关东军卫生部队投降并表明愿意为中国军民提供人道救援后，八路军将这支130人的卫生部队成建制地保留了下来。不料这支部队在暴动中残忍地用手术刀等器械将中国军队的伤员统统挑死。通化军民救援部队当即围攻医院，击毙叛军30余人。
孙耕尧暴乱前因机密泄漏被八路军事先逮捕，审讯后被判死刑立即执行。不料因为凌晨暴乱已经开始，电路被切断，行刑战士黑暗中没有击中孙耕尧。等到天亮时，暴乱溃败，八路军返回驻地发现孙耕尧等暴动头目均活着，遂补枪击毙所有罪犯。
藤田实彦则是在全城大搜捕中第七天被公安干警从日本商社的一栋社宅阁楼中发现，同时三十多名日本人被捕。共产党在枪决所有日本主谋者的时候，唯独留下了藤田实彦的活口，五花大绑下让藤田实彦在展览会向所有参观者和游人反反复复地承认罪行。每见到日本人来参观，藤田实彦都会鞠躬谢罪：“真对不起了，真对不起了。”最后藤田实彦羞愤成疾病死在通化民众医院。藤田实彦对日本人说对不起是由衷的。正是因为他在通化日本人中的威望和地位，以及他对形势的错估，坚持联合国民党帮助国民党夺取通化政权，最终导致暴乱失败后，在通化的所有日本男人都遭了殃。
据中日双方的记载，数字有出入，但最保守的估计是一千八百日本人(日方有说3000余人的，也有一万多人的，当时通化周边共有日本投降军人和平民五万人)被击毙，死者统统赤条条的被扔进河里“水葬”。
通化中国人在日本人十四年的统治下，生活在高压恐惧的赤贫中，对日本人深恶痛绝。尤其是日本人在投降后仍然觉得高中国人一等，宁愿将储备的战略生活物资包括棉被军服食粮焚烧了也不给市民一粒粮食一件衣服。一些胆大的市民试图在火中抢回些粮食也被日本降兵打伤打残，导致暴乱后通化市民怀着强烈的复仇心理对日本人无论是战斗人员还是平民纵情泄愤--因为身后有中国武装力量支撑着。日军尸体的衣服都让市民扒走了，连金牙齿也被砸下。
更让中国军队不可饶恕的是关东军卫生部队的残忍。原本为了利用日本的战地医院，在关东军卫生部队投降并表明愿意为中国军队和市民提供人道救援后，八路军将这支130人的卫生部队成建制地保留了下来。不料后来这支部队在暴动中成为骨干并残忍地用手术刀等医疗器械将中国军队的伤员统统挑死。作为报复，八路军将这所野战医院制服后，同样用手术刀将医院部队长柴田久中尉挑死。
中国参战人员和日本人生还者描述，中国人杀红了眼。凡是口令答不上来了的，上去就是一枪；凡是躲在洞里或隐藏处的，二话不说手榴弹就进去问侯了；凡是躲地窖里的统统堵死出口和通风口一律活埋。直到第二天八路军通化司令部才下达命令：只抓不杀。此时，已经到处都是日本人的尸体。于是就有了日本人的著作：“共产军虐杀日本人事件--通化事件”。
全城大搜捕时，日本人的傲慢也害了他们自己。日本人自视甚高，入乡不随俗，中国的春节居然不在门外挂对联。于是八路军挨家挨户大搜捕，只要不挂对联的统统被破门而入，成年男子一律被绑走，只要稍作反抗就被击毙。于是，通化的日本人无论是商社从业人员还是铁道公司职员，统统被关入大牢。逃跑是愚蠢的，只要露出此意就会招来杀身之祸。暴乱前夕共产党已经得到情报，日本人计划暴乱夺取共产党政权交给国民党。于是共产党秘密搜捕将一百多名原关东军指挥官员关押一处。然而敌中有我、我中有敌，关押地点被泄漏。暴乱伊始，日本军队围攻临时关押处。而我方只有一个班的看守兵力，幸亏班长当机立断，用机枪将一百多名企图里应外合的在押犯全部击毙。
除此之外，这个时候的通化孕育了以后中国的几个著名团体。中国空军的发祥地在这里，第一任中国航空学校校长是林弥一郎，原日军航空队队长。后来成为空军司令的王海上将遇见林弥一郎都要敬礼，言必称“老师”。林弥一郎差点儿在暴乱前夕被枪毙，幸亏延安时期的日本人八路军前田光繁力保才免于一死。总政文工团发源于此，前身是通化炮兵学校文工团。暴乱中，留用人员中的日本人试图开动坦克参加暴动被镇压。伪满皇帝溥仪的弟弟傅杰之妻嵯峨浩被关押通化。嵯峨浩是暴乱中日本人营救的目标之一。日本人在营救嵯峨浩的局部战斗中赢得了暂时的“成功”，将嵯峨浩成功解救出来。然而在全局中仍然惨败，面对蜂拥而来的中国增援部队，日本人不得已将其送回关押处，自己逃亡后在大搜捕中被俘。
八路军中朝鲜族部队对日本人无比憎恨，是我方所有部门中唯一一个没有被敌人策反的，也是对日本人大开杀戒最彻底的。而挑动暴乱的国民党人是最懦弱的，几乎没有国民党人参与战争行为，都在家里等现成的：如果日本人他们就出来摘桃子；如果日本人失败他们也没有责任。但是共产党人没有放过他们，根据审讯日本战犯和国民党特务的笔录，共产党人逮捕了几百名在家等捷报的国民党人，最后枪毙了百来个通敌纵敌者。
由于没有防备，事件之初我军受到了较大的损失，尤其当地的政府机关人员和警卫部队牺牲很多。但我军的反应也十分迅速，从附近调来了大量的正规部队(当时在通化城内我军仅有少量警卫部队)。迅速镇压了这次暴乱。民主联军(首先出关的八路军主力)平定暴乱后，对被俘的日军战俘及武装平民(日侨)进行了严厉的镇压。击毙处决约3000人，除了日俘还有不少伪满余孽，我方镇压日军的主力是朝鲜义勇军(他们对日本人更有深仇大恨)。
暴乱平息后，通化军民对全市日本家庭进行地毯式搜查，18岁以上、60岁以下日本男人统统带走，集中进行审查。大搜捕进行了半个月，暴乱的主谋者大都落网。八路军在枪决所有日本主谋者时，唯独留下了藤田实彦，绑着他游街认罪。
这场暴乱消灭了多少日本人，中日双方的说法不同，但保守估计有1800多日本人被击毙，3000多日本男性被俘集中关押。
