作为毛泽东夫人，江青于1956年被任命为毛泽东的“五大秘书”之一。1969年的中共九大上，江青成为中共中央政治局委员，正式进入中央领导核心。
由于对江青没有好感，肖华不仅“敬而远之”，甚至是“疏而远之”。但江青却常常主动向肖华找麻烦。如江青一直想到总政机关兼职，曾找肖华谈过，但肖华不予理睬。1966年2月，江青在上海召开部队文艺工作座谈会，江青又提出要在军内任职，肖华仍不以为然：“江青不是搞京剧改革吗？怎么又管起军队的事情来了？管得这么宽呀！”后来因为江青搬出了“林副主席”，肖华只好指派总政副主任刘志坚去参加会议，并对刘志坚等人说：“江青这个人疑心大，脾气也大，对她的话要多听少说”，“不要同她当面争辩”。江青本意是要肖华参加座谈会的，肖华没有去江青很不满意。她放话说肖华架子大，看不起她。肖华知道后也不高兴地说：“去了一个副主任还不行吗！”
随着“文化大革命”的深入，江青的“身价”越来越大，对肖华的当面指责也越来越张狂。一次，肖华因参加周恩来主持召开的会议，而没有参加她同一时间召开的会议。第二天，江青便指责肖华说：“我告诉你，你不要以为周的会比我的重要。”在1967年1月19日的京西宾馆会议上，江青见有中央军委和总政治部两份文件，又故意找茬批评肖华：“你是总政主任，发文件时，把总政和军委并列，是什么意思？”甚至揪住不放，要肖华“说清楚”。 凡此种种，使得江青总想把肖华打入“叛徒”集团，欲置他于死地而后快。
早在山东工作时，肖华便知道叶群生活糜烂。50年代，陆定一的妻子严慰冰也曾向肖华反映过叶群的男女作风问题。肖华因而对叶群不太理睬。于是，在对待肖华的态度上，江青和叶群有了共同语言，曾恶狠狠说过：“人家欺负咱们，咱俩联合起来，你的仇我报，我的仇你报。”
1967年5月13日，在北京展览馆礼堂发生了一场小型武斗(史称“五一三事件”)后，“无产阶级司令部”开始依靠“三军党委”和“三军无产阶级革命派”来左右军队“文革”。肖华的工作从此更加日益艰难，多次要求向林彪汇报工作，却一再遭到拒绝。叶群也曾对林彪秘书张云生说：“首长和我的态度一致，如果肖华来，你就说首长最近出汗了，肖华的事转不上去。”叶群还特意就此事打电话给江青：“故意晾晾那个姓肖的，让他在火上煎着，总政的事，全军文革的事，他都得顶着，哪一头出了问题，都跑不了他。”
“第一夫人”与“第二夫人”的联手，让肖华更加在劫难逃。
