1904年，爆发了日俄战争。这场战争一个最荒诞不经的特点是：战争是在中国的领土上进行的，但中国却是“中立国”。在日俄相互宣战3天后，慈禧太后颁发了一道堪称千古奇闻的谕旨：“日俄两国，失和用兵，朝廷轸念彼此均系友邦，应按局外中立之例办理，着各省将军督抚，通饬所属文武，并晓谕军民人等，一体钦遵，以笃邦交而维大局，勿得疏误！特此通谕知之！钦此。”
清廷的“局外中立”政策，是在当时担任直隶总督兼北洋大臣、并且控制着“新式陆军”的袁世凯的极力主张下制定的。袁的主要理由是还需要时间“练兵”和改变“财力极窘”的状况。1904年初，当战云密布之时，袁世凯上奏朝廷，说“甲午之役，关内外各军不下20万，仍每以兵单为忧。况现在俄日交哄”，更不能“引火上身”。因此，“不得不谨守局外”，“以为韬晦之计”。而慈禧太后最关心的也不是主权或者战区民众的生命财产，而是“东三省系祖宗陵寝所在，关系甚大”，在得到袁的死党庆亲王奕劻“陵寝当可无虞”的肯定答复后，也就欣然“准奏”了。
清廷决定“韬晦”、“中立”，虽然做到了“笃邦交而维大局”，但却使作为主战场的东北地区蒙受了空前的浩劫。在长达19个月的时间里，东北民众惨遭兵燹之灾，伤亡无计其数。日俄两军建筑炮台、挖掘战壕、修建车道时，拆毁民房、毁坏民地、砍伐树木、驱使民工，无一不使东北民众遭难。日俄双方还随意将中国平民当作“间谍”成批处决。清廷战后统计，东北人民死于战火的有2万多人，财产损失折银6900万两。
日俄战争时吴佩孚曾为日军密探后获日军勋章
1903年11月底，日本参谋本部派遣曾做过北洋军教官的日军大佐青木宣纯以使馆副武官的身份紧急来华，与袁世凯面商日中联合组织情报机构和招募东北“马贼”等事宜。
1903年底，青木宣纯与袁世凯就谍报合作达成一致，袁从北洋军中挑选数十名精干士官，与其组成了联合侦探队。这些北洋军官大多毕业于测绘学堂等军事学校，故工作颇有成效，其中就有后来成为直系军阀头目的吴佩孚，他原是北洋督练公所参谋处军官，参加日军的谍报活动后，几次进出东北，工作深受好评，其间曾被俄军俘获，但拒不招供，被判死刑后跳车逃生，战后晋升上尉军衔，日军授予其勋章。
同时，直隶总督府每天还将东北和蒙古的情报通过袁世凯的日本顾问坂西利八郎转交天津驻屯军司令部。另外，日军在山东烟台的情报工作也得到了袁世凯及其北洋军的支持。
清军为日本特工提供炸药支持
清军为日军“特别任务班”袭扰俄军的活动提供了炸药、经费等援助。战争期间，日本以北京为根据地，由使馆副武官青木宣纯联系在华浪人、特务及少量中国人，组织了“特别任务班”。其成员打扮成汉、蒙族人模样，从北京出发，深入中国东北、俄国西伯利亚各地，担负破坏交通、通讯、辎重等任务。
1939年，一名幸存的特别任务班第四班成员回忆，他们在执行破坏铁岭、昌图铁路任务时，在辽西得到了率军防守中立区的直隶提督马玉昆的帮助。马玉昆为其提供了“大量的炸药”，几千两白银的活动经费，双方还约定了暗号，以便特别任务班成员在遇到危急情况时能遁入清军兵营获得庇护。马还承诺派遣军官协助其招募马贼等。
当时，双方对此均讳莫如深，一般东北官员也不知详情，直到三十余年后事过境迁，关东军和伪满洲国政府对此做了表彰和纪念，从而客观上揭露了这一秘密。
清朝军队直接参与到对俄军的袭击
自日俄战争爆发，清军陆续调往奉天者达2万余人，他们目睹侵略军蹂躏东北，激于民族大义，加之日人拨弄，抗俄情绪十分高涨。至于地方团练，其职责主要是保卫乡里，值此家乡惨罹兵燹之际，自然不能置身事外。日俄战争刚刚爆发，就发生了“辽界吉东峪地方团练有助日剿俄之谣”。
1904年5月7日，俄军指责“兴京厅以南所扎之华队随同日人攻打俄人。”中国军事力量出现在日俄战争的战场，令清政府十分恐慌，所以极力否认，增祺当即要求俄军提供以下确切信息：“兴京厅以南驻扎之华队，究系某县所属，是何地名，带队官是何姓名，所带人数若干？”并表示：“须有确实凭证，不得以疑虑揣度之事，笼统言之。”
1904年12月28日，俄国公使向清政府外务部发出照会：“十一月十八日在太平岭有日军二百名并华人三百与俄军攻击，该华人编我各制军队，身穿号衣，上有中国团练第一、二、三之百人队字样，并在战场留尸七具为证。”清廷指定奉天当局调查，结果干脆以“遍查宽甸境内，并无太平岭地名”回复。
清朝南北督抚曾为日军筹集抚恤金
1904年5月中旬，日本陆军在东北奉天境内连战连捷，当然，伤亡也很大。尤其是九连城一战，“伤亡几及千人”。日本驻沪领事小田切向盛宣怀提出了由中国官商出资抚恤日军伤亡将士及其家属的要求。盛宣怀立即电请直隶总督袁世凯、两江总督端方，提出了一个由官府出钱的具体方案，他解释说：“若劝各省绅商协助，亦恐招摇，沪上红十字会捐款，系中西合办，又难提拨。鄙见只可密约数省，合筹一款，交小田切转送彼国，附奏抚绥，并嘱不登报纸。”
袁世凯、端方对此极表赞成。两广督抚岑春煊、张人骏也加入了谋划。即使在民间，赈济日本伤兵的活动也不罕见，郑观应等人在广州等地捐款组织赤十字社，准备治疗日本伤兵的活动，就是一例。
