从1945年9月至12月，军统在南北各地的肃奸工作告一段落。共捕获有汉奸嫌疑者4291人，移送军法机关审判者334人，移送航空委员会讯问查办者24人，在押病死者43人。1946年春，国民党军统局将押在北京炮局的伪华北绥靖军总司令齐燮元、伪常务委员兼建设总署督办王荫泰等特级汉奸以及周作人、王谟等人，用飞机解押南京。1945年8月25日乘日本飞机秘密逃往日本九州的伪国民政府代理主席陈公博、伪宣传部长林柏生等6人，也于10月3日被引渡回国。军统还以伪造蒋介石手令“请陈璧君、褚民谊赴重庆会商善后事宜”的方式诱捕了陈、褚二人。山东省长马良、杨毓殉，伪山西省长苏体仁、冯司直、王琅，大间谍川岛芳子等也分别被捕。
关于陈公博的抓捕尤其曲折，在汉奸抓捕刚开始时，重庆的《新民报》转发了日本《朝日新闻》的一则消息:“前南京国民政府主席陈公博于26日自杀，伤势严重，于29日不治而死。”但戴笠很快就得知陈公博逃往日本的实情，当即与日本方面交涉。9月9日，何应钦向冈村宁次正式提交了《备忘录》，戳穿陈公博假自杀的烟幕，要求日本政府速将陈公博等逮捕归案。20日，何应钦再次提出引渡陈公博的《备忘录》。重压之下，日本被迫交出陈公博等。
1948年1月5日，国民政府司法行政部长谢冠生宣布:据各省市已报汉奸案件经检查办结案内，起诉的为30828人，免予起诉的为20718人，其他的为13323人。审判办结的25155案内，科刑的为14932人，其中死刑369人，无期徒刑979人，有期徒刑13570人，罚金14人。陈公博、褚民谊、王揖唐、齐燮元、殷汝耕、梅思平、林柏生、梁鸿志、丁默村和川岛芳子等50余人被判死刑；陈璧君、罗君强等近百人被判无期徒刑。周佛海先被判处死刑后被蒋介石赦免，改判无期徒刑，1948年2月，心脏病复发，死于老虎桥监狱的囚室之中。此外王克敏被押不久便病死狱中，汪伪内政部长陈群、逃跑通缉的汪伪江苏省长高冠吾等自杀。
