第三次战犯逮捕令在1945年12月2日发布，指名逮捕的有59名，其中绝大多数都是“知名之士”，同时他们的战争罪嫌也都严重得使他们足够被划入“甲级战犯”之列。不但有军人、政客、外交家，而且有企业家、财阀、出版家、言论家，还有一般人认为不可侵犯的皇亲贵族。自从这个名单公布之后，日本的上层社会头面人物一度陷入恐慌，岌岌自危。这一批人中绝大多数都是在逮捕令发表后10天内自动前往巢鸭监狱去报到投案的，在投案前后，还有人对外国新闻记者发表谈话，申诉自己的感想或想洗刷自己的罪责，例如《读卖新闻》社社长正力松太郎说，“本人被列名战犯逮捕，或系出于某种误会”。
仅仅4天之后，12月6日，第四次甲级战犯逮捕令发布。这也是对日本主要战犯的最后一次逮捕，指名逮捕的只有9个人，其中最引起震动的是近卫和木户。12月6日傍晚，正当近卫在别墅中与访客围炉而坐的时候，无线电收音机送来了逮捕令的消息，这对还怀揣着修订日本宪法野心的近卫是一次致命的打击。在别墅闭门谢客5天，12月11日，近卫从乡间别墅回到东京的官邸，召集夫人子女和部分亲戚闲话家常，表面佯做镇静，这样又拖了5天。直到限期将满的12月15日晚间，他依旧同亲人闲话家常，直到深夜1点，仍未露出自杀之意。众人散去后，又召唤他的儿子通隆单独进行了长时间谈话，通隆离去后，近卫独自在室内更换白色服装，服毒自杀。次日拂晓妻子发觉时，他已经尸体僵硬，面色惨白，而市内电灯尚明，火盆内的褐色药瓶中尚有一两滴毒汁残存。除近卫服毒外，其余8人都是在限期内自动前往巢鸭监狱投案。
自从第四次逮捕令发布之后，盟军总部没有对日本主要战犯再发布过任何逮捕令，与日本人的预料相反，战犯逮捕之风不是扩大，而是完全停止了。继之而来的是一股相反的风，庇护战犯，释放战犯。总计盟军总部四次逮捕令中指名逮捕的人数共为118名，但是到1946年年初实际在监狱里羁押的不过100名左右。除了非日本籍战犯被遣送回国，有的被引渡去国外受审，还有个别战犯由于特殊原因，在被捕后不久便被盟军总部以罪嫌不足为借口而擅自释放了，例如梨本宫亲王、乡古洁、上田良武。上田良武是第一批被捕的战犯之一，也是从巢鸭监狱被释放出来的第一人。三菱财阀巨头乡古洁1946年4月13日被释放出狱，他的获释预示着盟军总部对于日本垄断资本家的罪责将不予追究。果然，不久之后，那些大财阀、大军火商和大企业家都被陆续释放，国际检查处处长季楠还发表过讲话，说日本资本家之所以参加侵略战争，完全是受了军人枪杆子的逼迫，并非出于自愿。
