1916年3月，宋庆龄和孙中山自日本返回上海。自此以后将近10年中，孙中山继续领导革命，其间数度蛰居上海，著书立说，或开赴广州，主持政务，夫妇常在一起。宋庆龄与孙中山在一起工作，她“辉煌的头脑，充实了她丈夫的头脑，完全了他更伟大的人格。”
当他们回国后，孙中山南下广州任大元帅，领导第一次护法运动。由于受到军阀和政客的排挤，愤而辞去大元帅职务。这时孙中山困居上海，一筹莫展，极度苦闷，好似陷入绝望境地。宋庆龄对孙中山在生活上悉心照料，在精神上鼓励孙中山振作起来。
宋庆龄深知孙中山爱好读书，随时帮助他收集有价值的书和报刊杂志，协助孙中山查阅资料，著书立说。从1918—1919年间，孙中山闭门谢客，撰写文稿，决心改变现状。这期间的著作，都包含着宋庆龄的心血。她还帮助孙中山起草许多电函稿，作英文翻译，勤勤恳恳地尽到秘书的职责。她还加紧学习德文、俄文，为和苏联联系做准备。孙中山和宋庆龄对列宁十分钦佩。这期间，宋庆龄多次帮助孙中山与苏联联系。1918年，孙中山与列宁开始往来电函。1922年，列宁和孙中山之间第一次建立了直接联系。宋庆龄说：“在通信往来当中，这两位伟大的革命战士在争取人类自由和进步的斗争中携起了手来。”
历史事实证明，孙中山和宋庆龄结合在一起，的确“能够成就他们分居时所不能成就的事业”。
1920年11月25日，宋庆龄随同孙中山离开上海重返广州，恢复军政府工作。二人临时住在新亚酒店，后移至粤秀楼。1921年4月，孙中山在广州召开非常会议，决定成立中华民国正式政府，总统府设在越秀山南麓。1921年5月5日孙中山就任临时大总统。10月24日，孙中山抵达桂林，计划集师北伐，宋庆龄在后面积极配合孙中山的军事行动，发动妇女组织“出征军人慰劳会”。同时，宋庆龄动员各界人士，募集到巨额慰问经费，组织慰劳队到前线慰问出征的战士，随后由人护送到桂林。
在桂林，孙中山和宋庆龄会见了列宁派来的代表马林。正在北伐军顺利进军的时候，孙中山亲自培植起来的部属陈炯明在后方密谋反叛。1922年5月18日其部将率重兵乘虚潜入广州，广州气氛非常紧张，粤秀楼近处驻满陈炯明部队。为扭转局势，宋庆龄与孙中山不得不迅速赶回广州，了解到陈部确有谋反迹象。6月12日，孙中山在广州举行记者招待会，希望陈炯明所部退回东江原防。然陈叛迹日著，数名要员、华侨被杀，事态十分严重。 15日晚，陈炯明部队已经开始包围总统府。孙中山得知陈叛变的确切消息时，十分伤心，“悲愤得欲以身殉职”。
