我国现在的灾害事故防治管理工作是分部门管理的。根据现行有关法律、法规的规定，火灾事故的防治归公安机关的消防机构管理(其中森林火灾的防治归国家林业总局的武警森林指挥部管理，草原火灾的防治归农牧部门管理，军事设施、矿井地下部分、核电厂火灾的防治归其主管单位管理);大气、水资源污染等环境灾害的治理归环境保护部门管理;生产事故的防治归国家安全生产监督总局管理;水灾的防治归水利部门管理;气象监测预报归气象部门管理;地震灾害的防治归国家地震部门管理, 战时的防空袭、防化学污染和平民伤害等战争灾害的防治归人防部门管理;灾后灾民的救济工作归民政部门管理;灾害事故的急救归医疗卫生部门负责。以上各类灾害事故防治管理部门，除了火灾防治管理部门拥有专门的消防队伍负责全社会火灾事故的抢险救援外，其他部门均没有对社会的专职抢险救援队伍。从我国灾害事故防治分部门管理的现状看，虽然各有关部门都按照各自的职责分工做了大量工作，但从实践来看仍存在诸多的问题。
一、多头行政,干扰了企业、事业单位的管理秩序,影响了行政效率
由于我国灾害事故防治在行政上实行的是分部门、分灾种构建的管理模式，所以，各有关行政部门在实施监督管理时都要分部门进行。但由于监督管理对象、内容的同一性，就形成了多个部门对同一类单位、设备的交叉、重复管理现象，给企业、事业单位的经营管理带来了好多的不便和麻烦
譬如，公安机关消防机构进行消防监督检查要检查易燃易爆危险品、盛装易燃危险品的容器等物品和设备，及易燃易爆有毒气体、液体的跑冒滴漏等事故隐患;检查单位的平面布局、疏散通道、建筑结构、防雷设施等。这些检查管理内容，环境保护部门、生产安全部门、地震部门、气象部门等需要对这些单位相同的对象和非常相近的内容进行检查。但检查的时间并不能统一起来，结果是今天这个部门来查，明天那个部门来查，使得被检查单位不得不拿出更大的精力和人员来应付上级多个部门的检查，造成了对企业、事业单位正常经营管理不必要的干扰。如河北省张家口市的一个商场，在一个月内仅有7个政府部门的安全检查团(组)去检查相同内容的消防安全工作。据说全国此类情况也很多。加之，在我国行政管理还不够清廉的情况下，这样的安全检查不仅不能推动和促进安全工作的开展，反而成为了企业事业单位的一场灾难。
再如，根据国家有关法规规定，新建、改建、扩建的建设工程设计，都应分别呈报公安消防部门、环境保护部门、地震部门、气象部门、人防部门等有关部门审核消防安全设计、环境保护设计、防震设计、防雷设计、人防设计等要求，建筑完工后，以上各有关部门还要分别进行检查验收，验收合格后才可启用;而建筑结构的强度、防震性、耐火性和防火分隔、安全疏散、防雷防静电设计、电气设计、灭火设计、安全间距、设备装置布置、尾气排放、消防车通道，以及排水、防洪等审核、验收的项目、内容、对象大致都是一致的。这多头审核、多头验收的行政许可，不仅给被审核单位的申报带来了不便，而且严重影响了有关部门的行政效率。
另外，由于分部门管理、分部门制定法律，还造成了多个部门的执法主体，使有关部门在执法和职责分工上重复和扯皮。如根据《消防法》规定，火灾事故的追查处理应当由公安消防部门负责，而根据国务院《特别重大事故调查程序暂行规定》，往往火灾事故要由安全生产监督管理部门牵头调查。再如，根据《消防法》第十七条的规定，易燃易爆危险物品由公安消防部门负责监督管理，而(2002年1月26日中华人民共和国国务院令第344号公布，2011年2月16日国务院第144次常务会议修订通过)的《危险化学品安全管理条例》却规定，易燃易爆危险物品要由国家安全生产监督管理部门管理，可《中华人民共和国安全生产法》第96条又规定，危险化学品不包括易燃易爆危险物品等。类似的这些法律相互矛盾的现象很多，已使不少地方的生产安全部门与公安消防部门、环保部门、技术监督部门、卫生部门因执行法规不同而形成相互扯皮现象，严重影响了依法行政，影响了政府在人民群众中的形象。
再者，由于政府机关分部门管理，企业事业单位都要按照政府的要求设置安全生产科、处，环保科、处，保卫科、处等相对应的机构，使得企业、事业单位的安全管理无法统一进行，影响企业事业单位的经营管理和效益。
二、不利于发挥各灾害事故防治部门的整体效能
灾害事故的防治应当是一个有机的整体，虽然不同的灾害事故有其不同的性质、起因和危害，但其相互间的渗透性、致灾因素的因果性、事发的突然性、抢险救援的急迫性、行政管理的监督性、管理对象的同一性、运用法律的相近性等却都是一致的。譬如，城市火灾与森林火灾，火灾与大气污染，气象与火灾、水灾、雹灾、旱灾、风灾，地震与火灾、环境灾害，保护森林与保护环境，环境保护与防火、防洪，火灾事故与生产事故，抢险救援与急救等，它们之间都有着千丝万缕的联系，且联系都很紧密。诸如各种事故隐患的整改、防灾措施的推行等，都需要一个整体的机构去管理。但由于我国实行的是分部门管理的体制，而各种灾害事故的防治又是一项社会性十分广泛的工作，涉及到社会生活的各个方面，所以各地都组建了政府的消防安全委员会、安全生产委员会、防汛抗旱指挥部、护林防火指挥部、防震减灾领导小组、环境保护领导小组和人民防空领导小组等诸多的协调性机构进行协调。这样，有多少个灾害事故防治部门就都需要有多少个灾害事故防治的委员会、指挥部或者领导小组，这多少个委员会、指挥部或者领导小组又都要有同级政府的一个行政领导挂帅、牵头，都要有其他有关部门的行政领导参加，而具体工作仍还得由原行政部门办理。还因其是非实体性协调机构，没有任何行政执法职能，且每一个灾害事故防治行政部门都不是由一个政府领导分管，对其他灾害事故防治行政部门没有任何制约作用，故除了每年组织几次联合安全大检查、向政府写几次工作情况报告外，其他方面无法协调。就是检查出来的事故隐患也无法直接用行政手段解决，还得由具体的灾害事故防治行政部门分头去解决，行政效力极低。这样交叉重复的工作方式不仅给有关行政部门的工作造成忙乱，而且严重降低了工作效率，各有关灾害事故防治行政部门的整体管理效能也无从发挥。如国家的安全生产监督管理局由原部属局升格为副部级局，正部级局。规格越来越高，但事故率却越来越升，伤亡损失越来越大。往往前面的大火还未处理完，紧接着就发生多起重大着火、爆炸事故;先是天上掉飞机、海上沉船舶，紧接着就是河南、河北、山西、陕西的大矿难，一次就是几百人遇难，教训非常沉痛。国务院不得不一次又一次发出安全生产大检查的紧急通知。这些紧急通知除了各地安全生产部门象征性的组织几次安全大检查外，有多少事故隐患能够从根本上根治呢?这些不是说安全生产监督管理部门有多大责任，而是现行体制受到了很大的制约。
