1956年11月，中共中央军委决定增补黄克诚、粟裕、陈赓、谭政、肖劲光、王树声、许光达、肖华、刘亚楼、洪学智为中央军委委员。
1959年8月，在中共中央政治局扩大会议（庐山会议）后，彭德怀、黄克诚、洪学智被撤职降职而调离军委总部机关。9月，中央政治局会议决定改组中央军委，增设中央军委副主席和军委常委，毛泽东担任中央军委主席，林彪、贺龙、聂荣臻为中央军委副主席，陈毅、刘伯承、徐向前、叶剑英、邓小平、罗荣桓、罗瑞卿、谭政为中央军委常委。粟裕、陈赓、肖劲光、王树声、许光达、肖华、刘亚楼、苏振华为中央军委委员。罗瑞卿兼中央军委秘书长，苏振华、肖向荣为中央军委副秘书长。中央军委日常工作由新任国防部长林彪主持。10月，中央军委发出通知，决定在军委常委之下成立军委办公会议。由三总部和军委办公厅主要领导罗瑞卿、谭政、杨成武、萧华、邱会作、萧向荣六人组成军委办公会议，负责处理军委日常事务。增补萧华兼任军委副秘书长。
1960年5月，增补张爱萍为军委办公会议成员。10月，谭政被撤销中央军委常委、军委办公会议成员、国防部副部长、总政治部主任等职务。
1965年6月，增补杨成武为中央军委副秘书长；11月，肖向荣被撤销中央军委副秘书长、军委办公会议成员、军委办公厅主任职务。12月，罗瑞卿被列为彭罗陆杨反党集团成员之一而撤销中央军委常委、中央军委秘书长、军委办公会议成员、国防部副部长和总参谋长职务。
1966年1月，增补陈毅、刘伯承、徐向前、叶剑英为中央军委副主席。叶剑英兼中央军委秘书长。8月，“文化大革命”开始后，中央军委的工作受到林彪、江青等人的干扰破坏。老帅们和其他军委成员大都受到冲击，不是被打倒，就是靠边站。
1967年3月，中共中央决定增补谢富治、肖华、杨成武、粟裕为中央军委常委。6月，张爱萍被撤销军委办公会议成员、副总参谋长职务。此时，军委办公会议仅剩肖华、杨成武、邱会作3人，已无法正常工作。8月，中共中央决定成立军委办事组，由吴法宪、叶群、邱会作、张秀川组成军委办事组，吴法宪任组长。9月，由代总参谋长杨成武任组长。10月，又增补李天焕、刘锦平为军委办事组成员。
