蒋介石见大势已去，一方面将主力撤往台湾以求东山再起，一方面固守边陲以作负隅顽抗。他将地域选择重点放到了陕南、陇南、广西等地，通过组织纠结当地土匪，利用山险地形作最后的垂死挣扎。特别是新疆一地，在路卫兵看来更是蒋介石所倚仗的重中之重。新疆远在西北边陲，地域宽广地形险恶，各民族又融杂汇合，民情十分复杂。特殊的地域和历史沿革造就了这里复杂的政治局面，历来政府也是鞭长莫及鲜少兼顾。如何解决新疆问题就摆在了中共中央和毛泽东的面前。
一野张网待发，毛泽东力求和解。1949年9月，彭德怀指挥一野歼灭了盘踞兰州、宁夏的马步芳、马鸿逵主力，解放了陕、甘、宁、青四省的广大地区，打开了进军新疆的通道，形成张网进发之势。此时驻扎新疆的国民党军队便分为两派：一是以新疆警备司令陶峙岳和新疆政府主席包尔汉为首的力主和平派，在政治上倾向于共产党;另一派是以国民党骑兵第5军军长马呈祥、整编第78师师长叶成，以及第179旅旅长罗恕人为首的血战到底派，此三人掌握一半的驻疆部队，反共态度十分坚决，誓与国民党共存亡。当此情形，争取陶峙岳就成为关键的一步棋。
1949年9月北平谈判期间，毛泽东亲自邀请张治中商谈和平解决新疆问题。并希望张治中能争取陶峙岳起义。陶峙岳是张治中任新疆省政府主席时邀请去做的警备司令，对张治中很尊重。在张治中的争取下，陶峙岳与包尔汉彻底下定和平起义的决心。马呈祥、叶成、罗恕人见大势已去，转道印度逃往香港，起义障碍扫除之后，陶峙岳与包尔汉联名给毛泽东、朱德发出了起义通电，走出了新疆和平解放的第一步。
和平解放后的新疆并不平静。新疆在整体上虽然和平解放，但是新疆地区形势依然很复杂。新疆旧有的地方势力“赶走汉人”、建立“东突厥斯坦共和国”的分裂思想一直阴魂不散，这种政治思潮在新疆局部地区影响很深，他们通过各种分裂手段，进行分裂破坏活动。当时的分裂势力主要有三股：
一是阿不都拉大毛拉在伊犁的叛乱。阿不都拉大毛拉秘密建立了“大突厥主义伊斯兰党”，并派人到迪化(今乌鲁木齐)、喀什、阿山(今阿勒泰)成立分支机构，该组织四处宣传“泛伊斯兰主义”、“泛突厥主义”思想，势力发展很快，到1950年上半年，已发展到8个小组共计1500人，他们积极策划暴乱，散布独立的谣言、标语及传单，试图建立“东突厥斯坦共和国”;
