从1月13日至23日，13天审讯17次，每次审讯都是彭德怀先据理驳斥，最后在精神恍惚下签字承认。专案组每天向上报告“战绩”。17日，军委办事组成员李作鹏催促专案组“想尽各种办法把进度搞快点……抓紧时间突，大会斗，小会突，专案审。”24日，专案组汇报战绩后，又指示：“专案工作最大、最难办的是彭德怀”，“1955年的问题要抓紧，一定要攻下来”，“集中力量打歼灭战，解决问题时要人多一点，人多说得过他，人多压得住他”。
26日，从下午18时到第二天凌晨3时，专案组审讯彭德怀连续9个小时。《哨兵日记》记载彭德怀从审讯处被送回囚室的情况：“东倒西歪，前俯后仰，精神处于昏迷状”。
1月30日是春节，“春节前要定案”的计划完不成。29日，吴法宪指示专案组：“春节后再来个高潮，搞几个月不要被犯人同化了。专案就是把混进党内的反革命修正主义分子挖出来，对于办成红彤彤的毛泽东思想新世界是重大贡献。”
春节后的“高潮”，审讯的次数更多，时间更长。2月5日从下午14时30分到6日凌晨1时，审讯人轮流休息、吃饭，彭德怀不能吃、不能喝、不能休息，连续被折磨11个小时。
专案组车轮战的审讯，不是为了弄清问题，而是逼取口供以便定罪。这一切又是以革命的名义、党组织的面目出现的。庐山会议后，彭德怀曾经要求党中央审查他；“文革”开始，他衷心欢迎审查，相信审查会洗清他的冤屈，澄清事实的真相。但残酷的事实使他认识到完全不是那么回事。他那从少年时代铸就的嫉恶如仇的霹雳般个性，他一生一世只服从于真理，不屈服于压力的刚烈气慨，此时爆发为对专案组的冲天怒火。他不顾灾难的后果，在被审时痛斥怒驳，对操生杀之权的专案人员捶桌怒吼：“你再审，我也是顽固！”“我就是顽固，顽固到底！”“你们把我枪毙了吧！我什么都不怕！”专案组人员恫吓说：“你这样做没有好下场！”他冷笑：“好啊！看你们有什么下场！”
然而，他认为专案组代表党。更多的时候，他不得不耐心地回答专案组的讯问，反复地说明情况。在每次车轮战的最后，他认罪、签字，在精神恢复后又否认、说明用专案的语言来说，就是：翻案。
春节以后，专案组逼彭德怀承认1959年在阿尔巴尼亚参加霍查举行的宴会后，和赫鲁晓夫在小休息室“密谈”，“勾结苏修”。彭德怀反复说明，当时有各国贵宾在场，他和赫鲁晓夫只是礼仪性的见面，交谈数语，根本不可能“密谈”什么。彭德怀把为这一问题被迫写的“认罪书”抄在日记本上，后面写上了一段话：“为此事费了半个月时间，有时搞到半夜，于是，我把平日里所想的和所说的，说成是同赫谈了。现在我知道了，一定要说成是同苏修勾结反对毛主席……现在我懂得了这一条。我过去的了解是，审查是要弄清真相，实事求是，作出合乎事实的真理结论。”“入党宣誓时说过，为了革命利益，必要时献出自己的生命。现在是时候了，应当为了党的利益，为了巩固和提高毛主席的威信，我应当坚决这样做。”
为了革命，为了党的利益，他应当按专案组的要求“认罪”以“巩固毛主席的威信”呢？还是坚持实事求是“抗拒审查”呢？他陷入极度痛苦与极度矛盾中。
3月4日开始，审讯彭德怀所谓“取而代之”的问题。
一个留苏学生揭发，1956年她在苏联学习时，听到一个苏联学生说，赫鲁晓夫曾当着他叔父的面派人去见彭德怀。转告彭两句话：“他可以取而代之，我支持他。”
对这份材料，连专案组自己也对其可靠性发生怀疑，但仍据此制定出了一个逼供的计划。据专案组笔记本记载：
“研究审讯彭取而代之问题计划：八国之行，摸底探风，进行舆论准备；庐山会议直接反党，先礼后兵，逼毛主席检讨；发动总攻击，取而代之。”
“尽力逼其交代出来。指导思想、步骤：连续作战，强攻打硬仗，围绕取而代之问题，穷追猛打”。
计划付诸实施了。七八个人轮番审讯，把彭德怀摧残到极点。哨兵记载，一次彭德怀从审讯室回到囚室“吃饭不知吃”，“砰的一声碗掉在地上。‘我赔，我赔！’”他突然想到这碗是公家的，“从衣袋里拿出5角钱交给哨兵”。
专案组正突击审讯时，发生了“三？?二四”事件。直接负责专案组工作的大组副组长杨成武被“打倒”了，专案组整顿思想。4月5日，检查出“右倾动摇思想”16条。下据专案人员笔记的记载，录出数条：“我们的材料不是那么多，不是把他(彭)的锐气打下去了，而是挫伤了我们的锐气。”
“外调没有好线索可查，查来查去查不出所以然来，弄出些右倾情绪。”
“4个问题现在一个也没搞完，搞他的集团问题，搞下来好说，搞不下来怎么办？”
“是搞赫给他讲了这句话就算达到目的呢，还是继续搞事实呢？”
“应再搞事实，搞什么样事实？”
“彭德怀的问题到什么程度才能结束，心中没数，现在走到哪里算哪里。”风波亭、莫须有，可见一斑。
所谓4个问题，是指要通过审讯逼彭德怀承认并按既定内容交代的“彭、高反党集团”、“里通外国”、“反党小集团”、“取而代之”的4个问题。审讯4个多月没有达到目的。
1968年3月，林彪的亲信黄永胜被任命为中央军委办事组组长。接着，黄永胜在中共第九次代表大会上当选为政治局委员，接管了专案组。对彭德怀的审讯再次加码。专案组的笔记记下了每一次审讯的情况，哨兵则被告知要记录下彭德怀被审讯后回囚室的表现。
5月7日，从下午开始到8日凌晨1时，由陈×等5人“攻他的核心问题”，审讯室内彭德怀忍无可忍，火山爆发。他怒吼、痛骂。主审人鼓动其部下的士气说：“顽抗是敌人的本性，是必然的”，“不交代不能收兵”。最后，陈×的笔记记着：“我们的目的基本实现了。”
