邹大鹏在“文革”中又被康生和他的追随者打成“大特务”。康生1946年离开中央社会部，去了山东。1948年中央任命李克农任中央社会部部长，1949年邹大鹏从东北调回中央社会部任秘书长。
康生离开中央社会部并非自愿，而且是很不甘心的。后来中央社会部几经变迁，改为中共中央调查部。“文革”期间，康担任“中央文革小组”顾问，声势显赫，极力利用职权，插手部里的事务，一再流露要重新控制这个部的强烈欲望。“文革”初期，部长孔原作为“走资派”被揪出来后，其他副部长靠边站，周总理指定邹大鹏任部业务领导组负责人。康生认为必须首先排除这个“障碍”，说他是“东北反革命叛党集团”“高老庄”（指曾任司法部长、全国政协副主席的高崇民，被诬陷为东北反革命叛党集团的领导人）的重要成员，一面开大会批斗，同时于1967年4月28日的深夜，康生亲自打电话给邹大鹏，追问他的历史问题和“反革命叛党集团”关系，长达一个多钟头，逼得邹大鹏夫妻双双自杀身亡。
邹大鹏夫妇的问题是由康生等制造的、是原中央调查部最悲惨的头号大冤案。在中央决定为“文革”中被迫害的老同志平反前，1975年8月还给他写了一个“结论”，由康生批准，保留了五条政治尾巴。
1979年2月，中共中央在政协大礼堂为被迫害致死的邹大鹏、吴溉之等五位老同志补开追悼会，由李先念主持，胡耀邦致悼词，宣布给他们平反昭雪，恢复名誉。
历史毕竟是公正的，别有用心的陷害者康生之流，终不免为千夫所指，声名扫地，而邹大鹏的不朽功勋和高尚品德终将流芳史册，永远活在人们的心里。
