第一次逮捕令指名要逮捕的日本战犯27名，除了小泉亲彦和桥田邦彦两人在逮捕前已自杀身亡，其余25名全部被总部宪兵捕获入狱。有个别战犯还是自动投案的。25人中本间雅晴被引渡到菲律宾美军军事法庭受审，与山下奉文一同被判处绞刑。因此这批人中长期羁押在巢鸭监狱的只有23名纯日本人。
盟军总部的四次逮捕令
盟军总部对于第一批战犯的逮捕手续是相当混乱的，关于自动报到投案的办法也没有明确规定。从第二次逮捕令发布时起，这些事情开始明晰，一般自动投案的期限规定是10天，如果在发布逮捕令后十天内不前往巢鸭监狱自动报到，则盟军总部的宪兵队在第11天的清晨将强制执行。
这个办法也在战后的日本行之有效，没有出过任何意外，在许多外国人看来似乎不可思议。但在当时的日本这个办法确是实际可行，梅汝在他的书中分析:“因为日本是一个岛国，战败后的日本完全孤立起来了，四面都被盟军的海军所包围，对外的出路完全断绝了，任何战犯想要逃到国外去绝对不可能。其次，日本一向是一个著名的‘警察国家’，国家警察对于各地的户口迁移和国民行动调查得非常周密，侦查得非常认真，登记得非常严格，因此任何战犯想要在国内躲藏起来也是极端困难的。”
第二次战犯逮捕令于1945年11月19日发布，距离第一次约二月有余，这次命令中指名逮捕的都是比较重要的日本战犯，共11人，他们的地位之高和罪责之大说来都够得上称为“甲级战犯”和“主要战犯”。11人中，除了本庄繁已经自杀和松冈洋右正染重病之外，都是在逮捕令发布10天之内自动报到投案并携带行李入狱的。
本庄繁的自杀值得一提。他是在听到总部逮捕令发出的消息之后，立即自裁身亡的。那时他正在青山旧陆军大学辅导本部理事长办公室，时间是11月20日上午10时半。本庄繁的自杀在日本人眼光中被认为是一件很壮烈的举动，他死后留有早已准备好的遗书两件，并提有“诚以贯”三个字。后来的分析者认为，不排除两件事情对于本庄繁的深刻刺激，其一是陆军元帅杉山夫妇在未被列名战犯之前便双双自杀，其二是东条自杀未遂遭受严厉抨击。至于松冈，虽然患病严重，但盟军总部还是把他按期逮捕入狱，在狱中进行治疗，次年5月远东国际法庭正式开庭审讯的时候，他被列名为受审的28名首要日本战犯之一，但是受审不到4个月，松冈便病死狱中。
